O peróxido de Hidrogênio pode ser definido como um composto inorgânico formado por dois átomos de oxigênio e dois átomos de Hidrogênio (H₂O₂), que se caracteriza por possuir propriedades químicas como: alta instabilidade, alta solubilidade em água e alto poder de oxidação da matéria orgânica. Vale ressaltar que o peróxido de hidrogênio é popularmente conhecido como água oxigenada.

Sua ação dar-se a partir de sua dissolução em água e Oxigênio (O^2-), o que o torna um eficaz agente desinfestante, uma vez que o O^2- possui uma alta ação oxidante sobre compostos orgânicos, tais como algas, restos de raízes, assim como agentes bióticos como bactérias e fungos.

A partir destas propriedades podemos destacar que a ação do peróxido de hidrogênio em sistemas hidropônicos, principalmente o NFT é viável e recomendável, tanto como agente redutor de algas quanto como curativo para fungos como o Pythium sp e bactérias, como a Pectobacterium carotovorum (Erwinia na classificação antiga).

A decisão de seu uso deve sempre ser tomada em conjunto com um Engenheiro Agrônomo, uma vez que a sua manipulação é perigosa, por se tratar de um agente altamente oxidante, com alta toxicidade aguda (Oral) e dérmica, além de se caracterizar como um produto altamente corrosivo, que em função disto, pode gerar danos severos a pele e aos olhos. Assim, a sua aplicação deve ser com o uso de equipamento de proteção individual (Macacão, luvas, botas, viseira e óculos).

O seu uso para o controle do Pythium, por exemplo, deve ser baseada em um laudo fitopatológico, emitido por um laboratório especializado, onde sua aplicação deve vir associada a outros procedimentos, tais como limpeza eficaz do sistema, com o objetivo principal de reduzir a carga de matéria orgânica, a partir de lavagem das bancadas vazias e retirada de plantas lesionadas (morte de raízes) e, posterior lavagem da bancada como uso de produtos como o dióxido de cloro.

Após a este procedimento (limpeza e retirada das plantas), recomenda-se o uso de peróxido de hidrogênio – 80 volumes, a uma diluição de 30 ml deste para 1000 L de solução nutritiva. Ressalta-se ainda que no momento da aplicação desta diluição na caixa, toda a solução deve estar isolada, isto é, não pode ser disponibilizada para as plantas; assim o uso de um sistema como o venturi ou um baypass hidráulico é de fundamental importância.

Todo este cuidado é preciso devido ao peróxido de hidrogênio ser prejudicial às raízes em contato direto, a partir de sua ação oxidante, com isso, existe a necessidade do isolamento da solução e um tempo de reação de, aproximadamente, 30 minutos para posterior liberação às plantas. Este tempo é o suficiente para a oxidação da matéria orgânica e dos agentes bióticos presentes no maior volume de água.

Como isolamos as bancadas e, consequentemente estas não são tratadas diretamente, existe a necessidade de reaplicação do peróxido de hidrogênio, a cada sete dias, até que os sintomas de morte radicular não sejam mais observados.

Esta desinfestação associada a uma posterior aplicação de Bacillus subtiles (após a um dia do tratamento com H₂O₂) vem demonstrando eficiente no controle de podridões de raízes, principalmente em sistemas hidropônicos tipo NFT.